爱德华王子岛于一万年前开始有人居住当时水位较低，本岛与北美大陆相连；水位于五千年前开始上升，这片土地也成为一个岛屿。米克马克人（Mi'kmaq）为本岛的第一原住民部族，并将本岛称为“Epekwitk”，意即“停留在海浪之上”；欧洲人将该名发音成“Abegweit”。

1534年，法国航海家雅克·卡蒂埃成为首位发现本岛的欧洲人。然而，欧洲移民直到18世纪才相继登陆。其后，本岛归入法国殖民地阿卡迪亚，并被命名为圣让岛（Île Saint-Jean）。岛上首个法裔社群于1720年在拉乔伊港（现夏洛特顿一带）建立。英国从1755年起，逐出在芬迪湾沿岸聚居的阿卡迪亚人，当中部分人逃至圣让岛，岛上居民数目上升至五千人。然而，英国于1758年进攻圣让岛，并大规模驱逐法裔居民，使岛上最终只剩下300名阿卡迪亚人。

七年战争过后，英法两国于1763年签订《巴黎和约》。法国将本岛连同其他殖民地割让予英国，英国遂将本岛名称英语化成圣约翰岛（St. John's Island）。圣约翰岛于1769年脱离新斯科舍省，另组殖民政府；瓦尔特·帕特逊于同年获委任为圣约翰岛首任总督，并于1770年履新。他上任不久即计划将殖民地名称改为“新爱尔兰”，但不被英国政府接纳。英国政府后于1798年批准将殖民地名称改为“爱德华王子岛”，以纪念英王乔治三世的第四子爱德华王子。

1864年9月，英属北美众殖民地的代表在爱德华王子岛召开夏洛特顿会议，就成立加拿大邦联事宜展开首轮会谈。然而，次轮会议于同年10月在魁北克城举行后，爱德华王子岛认为结盟条款对己方不利，因此放弃加盟联邦。1871年，爱德华王子岛殖民政府开始在岛上兴建铁路，却因此债台高筑，逼不得已下只好同意加入加拿大联邦，并由联邦政府承担铁路项目的债务。爱德华王子岛于1873年7月1日正式加盟加拿大，成为加拿大第七个省。